A Magyar Tudományos Akadémia Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézetének szervezeti felépítése az almenüpontokban tanulmányozható részletesen. Az intézet élén az igazgató áll, akinek munkáját közvetlenül az igazgatóság munkatársai segítik. A Történettudományi Intézet további részei úgynevezett témacsoportokra tagolódnak, ezek feladata, kutatási területe más és más. Valamennyiről pontosabb tájékoztatást nyújtanak az e menüpont alatt fellelhető, az egyes témacsoportokra vonatkozó almenüpontok.