A Kora újkori osztály az 1970-es években jött létre, amikor az 1526. évi mohácsi csatától a 18–19. század fordulójáig tartó, mintegy három évszázad vizsgálatára a korábbi Középkori osztályból önálló kutatási egységet hoztak létre. Az osztály 2012. január 1-jétől a BTK részeként Kora újkori osztály néven működik, és legfőbb feladata a 16–18. századi magyar történelem alapkutatásokra építő, nemzetközi keretekben történő bemutatása. E feltáró munka elsősorban a következő kutatási irányok mentén zajlik. A késő középkori magyar állam 1526–1541 utáni kényszerű három részre tagolódásából adódóan az Oszmán Birodalom részét alkotó török hódoltságot nemzetközi hírű oszmanisták kutatják, a közép-európai Habsburg Monarchiához csatlakozó Magyar Királyság történetét pedig külföldi és hazai levéltárakban kutató kollégák vizsgálják.

Ezek mellett a témacsoportban hagyományosan erős vonalat jelent a történeti Magyarország keleti régiójában az 1570-es évekre létrejött új állam, az Erdélyi Fejedelemség históriájának elemzése. A területi jellegű kutatásokon kívül a csoport legeredményesebben művelt szakterületei közé az egykori és mai országhatárokat egyaránt átjáró politika-, had- és igazgatás-, vallás- és egyház-, társadalom- és gazdaságtörténet tartoznak. E kérdéskörökben a nemzetközi és a magyar történettudomány, valamint a magyarországi nagyközönség érdeklődésére is számot tartó forráskiadványok és adattárak, monográfiák és tanulmánykötetek készítése, valamint külföldi és hazai konferenciák szervezése jelenti a témacsoport elsőrangú feladatát. Emellett a csoport tagjai kiemelt szerepet töltenek be az intézet folyóirata, a Történelmi Szemle szerkesztésében.

Végül a mintegy tizenöt munkatárs alkotta témacsoport meghatározó jelentőségűnek tartja azt is, hogy a magyar történelem sokat vitatott három évszázadának szisztematikus kutatásokra építő, új szemléletű bemutatása révén hozzájáruljon a magyar lakosság történeti ismereteinek elmélyítéséhez és nemzeti identitásunk erősítéséhez.