A Jelenkortörténet osztály tagjai elsősorban Magyarország második világháború utáni történetét kutatják. Kutatásaik középpontjában két nagy témakör áll: a nemzetközi kapcsolatok története és az 1945 utáni, különösen a Kádár-korszak társadalomtörténete. A témacsoport tagjai több nemzetközi összehasonlító projektben vesznek részt, melyeket az OTKA mellett számos nemzetközi kutatási alap és intézmény is támogat (pl. European Network Remembrance and Solidarity (ENRS), Visegrad Fund, Fulbright Program, Woodrow Wilson Center, Zentrum für Zeithistorische Forschung – Potsdam). A témacsoport fontos feladatának tartja, hogy fórumot teremtsen a magyar és kelet-közép-európai jelenkortörténet kutatóinak hazai és nemzetközi tudományos konferenciák szervezésével. A témacsoport 2012-ben konferencia-sorozatot indított a hazai és nemzetközi jelenkortörténet fontos kérdéseinek megvitatására és annak érdekében, hogy új kutatási irányokat jelöljön ki. (Első eseménye a 2012. október 9-én megrendezett és nagy érdeklődést kiváltó A kollaboráció és az ügynökkérdés tudományos kutatása című konferencia volt. A következő jelenkor-történeti konferencia 2012. december 14-én kerül megrendezésre Kollektivizálás és állami erőszak címmel. Az egyes konferenciák anyagára építve 2013-tól tanulmánykötet-sorozat jelenik meg.