Az intézet saját kiadói tevékenysége keretében 1986 óta jelentet meg könyvsorozatokat és magyar nyelvű folyóiratokat. A kézikönyveket illetően két nagyobb programban folynak intenzív kutatások. Ezek egyikét – Az Árpád-kori Magyarország történeti földrajza – néhai Györffy György akadémikus indította el az 1950-es évek elején. A másik nagyobb program a középkori Magyar Királyság világi főtisztségviselőinek adattára, melyet néhai Engel Pál akadémikus kezdeményezett. Ebből az archontológiai sorozatból már a kutatás rendelkezésére áll az 1301 és 1457 közötti időszak feldolgozása (Engel Pál: Magyarország világi archontológiája 1301–1457. I–II. [História Könyvtár – Kronológiák, adattárak] Bp. 1996.), 2005-ben megindult az Árpád-kori, illetve a késő középkori anyag elkészítése. Az intézet gondozza az Osztrák–Magyar Monarchia közös minisztertanácsi jegyzőkönyveinek közreadását. Die Protokolle des gemeinsamen Ministerrates der österreichisch–ungarischen Monarchie 1867–1918 sorozatot hét kötetben (11 félkötet) a Magyar Tudományos Akadémia és az Osztrák Tudományos Akadémia közti megállapodás alapján osztrák kollégákkal együttműködve adjuk közre. Az intézetben készül a hazai történettudomány kurrens bibliográfiája is. 2012 tavaszán az MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézet Magyar Történelmi Emlékek (Monumenta Hungariae Historica) címmel új könyvsorozatot indított, felhasználva a nagy történeti hagyománnyal rendelkező korábbi sorozat címét. A fősorozathoz a tervek szerint 4 alsorozat csatlakozik: 1. Értekezések (monográfiák, disszertációk, tanulmánykötetek megjelentetésére), 2. Adattárak (adattár jellegű kiadványok, kronológiák megjelentetésére), 3. Okmánytárak (a történetírás levéltári forrásainak, forrás-összeállításoknak a megjelentetésére), 4. Elbeszélő források (a történetírás elbeszélő forrásainak megjelentetésére). A sorozat első kötete, Nagy Kornél: Az erdélyi örmények katolizációja című könyve az Értekezések (Dissertationes) alsorozatban jelent meg.