Intézetünk egyik fontos stratégiai célja a magyar és a balkáni történetírás szakmai kapcsolatainak erősítése. Ennek érdekében az elmúlt években közös programok és kutatási együttműködések jöttek létre, elsősorban a bulgáriai, horvátországi, szerbiai, koszovói és albániai történetírás műhelyeivel. A történész kooperációk általában a Külgazdasági és Külügyminisztérium diplomáciai tevékenységét is erősítik, hiszen az események szervezése többször a nagykövetségekkel közösen, a diplomáciai programok részeként történt. Az együttműködő intézmények sora folytatódik 2020-tól a Montenegrói Egyetem Történeti Intézetével (Univerzitet Crne Gore Istorijski institut).

A montenegrói történetírás régi adósságát kívánja törleszteni egy vatikáni forráskiadvány-sorozat (Monumenta Vaticana Montenegrina) indításával, amelynek szervezése 2014-ben indult meg. Az elakadt munkálatok újraindításának reményében fordult a podgoricai székhelyű Történeti Intézet igazgatója, Radoslav Raspopović intézetünkhöz, amelynek igazgatója, Molnár Antal örömmel vállalkozott az együttműködésre. 2018-tól maga is egy NKFIH által támogatott kutatási program (Kereszténység és Iszlám. Keresztesháború és együttélés válaszútján a 16–17. században, K-129236) vezetője, ennek keretében jelent meg angol nyelvű könyve a balkáni katolikusok török kori történetéről a római Viella kiadónál 2019 augusztusában. A mindössze egy évvel ezelőtt napvilágot látott kötet iránti széleskörű nemzetközi érdeklődést jelzi, hogy a járvány által nehezített körülmények ellenére is immár hat külföldi ismertetés látott róla napvilágot: kettő olaszországi (itt és itt érhetők el), egy szerbiai, egy montenegrói, egy horvátországi és egy koszovói folyóiratban).

A Molnár Antal által vezetett kutatási programhoz és a kutatásvezető balkáni egyháztörténeti kutatásaihoz illeszkedik a montenegrói vatikáni forráskiadási tervekhez való kapcsolódás, amely egyúttal további nemzetközi dimenziókba is helyezi a projektet. Ennek jegyében 2021-ben Podgoricában lát napvilágot a cattarói (kotori) püspökség 17. századi ad limina jelentéseit közzétevő forráskiadvány, amely a jelzett sorozat (Monumenta Vaticana Montenegrina) első kötete lesz. A Cattarói-öböl, Montenegró és Dél-Szerbia katolikus közösségei az Oszmán Birodalom határvidékének két oldalán, oszmán és velencei uralom alatt éltek. Ezeknek a területeknek a kutatása, az erre vonatkozó források közzététele nagyon fontos hozzájárulás a keresztény-oszmán határvidék kutatásához, hiszen a katolikus, ortodox és muszlim lakosság határvidéki együttélésének fontos mintáját jelentik. Az együttműködés első lépéseként Molnár Antal a montenegrói Történeti Intézet folyóiratában, az Istorijski zapisiban a dél-balkáni katolikus közösségekre vonatkozó 17. századi vatikáni dokumentumokat publikált. A több-kevesebb rendszerességgel Rómába küldött püspöki jelentésekből megismerjük az egyházmegyék intézményrendszerét, a legfontosabb lelkipásztori problémákat és a felekezet közötti együttélés legfontosabb kérdéseit.

Emellett ez a kutatási és publikációs együttműködés fontos lépést jelent intézetünk azon távlati stratégiai tervének megvalósításában, hogy a magyar történetírás, hagyományaiból építkezve és kiváló szakembereinek tudására és munkájára építve, hidat képezzen a nyugat-európai és a délkelet-európai történetírások között.