Hitler már 1943 szeptemberében utasítást adott a szövetségesekkel béketárgyalásokat folytató Magyarország megszállásának előkészítésére. Az akció irányításával Maximilian von Weichs tábornagyot, a délkeleti hadszíntér főparancsnokát bízták meg. A német haderő főparancsnoksága (Oberkommando der Wehrmach, OKW) által kidolgozott „Margarethe” terv Magyarországot három zónára osztotta: 1. Nyugat-Magyarország (Budapesttel), 2. Kelet-Magyarország (a Tiszától délre és keletre), 3. Északkelet-Magyarország (a Tiszától északra). Részletes – változó tartalmú – megszállási tervek csak az 1. és 2. zóna megszállására készültek.

1944. február végén az OKW kiadta a részletes utasításokat, majd megkezdődött a kijelölt csapatok összevonása. A magyar katonai vezetés érzékelte a határ menti csapatmozgásokat, a németeket számon is kérte emiatt, ám katonai intézkedést nem foganatosítottak. Március 11-én dőlt el a bevonulás végleges időpontja: március 19-e, vasárnap. Másnap Hitler aláírta a végrehajtást elrendelő hadműveleti utasítást. Négy nappal a megszállás előtt dőlt el, hogy az akciót a későbbi teljhatalmú birodalmi megbízott, Edmund Veesenmayer elképzelése szerint, vagyis „evolúciós” úton (a magyar államfőt, fegyveres erőket és rendvédelmi szerveket meghagyva) bonyolítják le. A minél gördülékenyebb kivitelezés érdekében Hitler a kritikus napokra Klessheimbe hívta Horthy kormányzót, aki ott szembesült a helyzettel.

Mindeközben, március 18-án 22 órakor a németek végrehajtották a „Margarethe” hadművelet kezdőpontját jelző „Trójai Faló” fedőnevű akciót: vasúti szállítás közben, Bicske és Ceglédbercel térségében felrobbantották önmaguk előtt a pályatestet, majd kivagoníroztak és virradatra a fővárosba értek. Hajnali 4-kor a megszállók négy csoportban lépték át a határt, hogy elfoglalják az 1. és a 3. zónát. Közvetlenül Németországból lendült mozgásba Körmend–Pozsony sávban az akció főereje. Egy részük, a páncélos-tanhadosztály Győrön és Komáromon át vonult Budapestre. A 16. SS-páncélgránátos-hadosztály Sopronból két oszlopban haladt Székesfehérvárra, illetve Pápán át Tatabányára.

Egy másik hadtest Horvátországból indult meg két csoporttal. Zwade vezérőrnagy, a 367. gyaloghadosztály parancsnokának csoportja a Balaton két partján haladt Székesfehérvárnak. Az 1. hegyihadosztály parancsnoka, Stettner von Grabenhofen altábornagy csoportja Pécsen és Kaposváron át nyomult Székesfehérvár irányába. A 8. SS-lovashadosztály parancsnoka, Streckenbach SS-Oberführer csoportja a Duna két oldalán Baján át Soroksárig, illetve Mohácson és Dunaföldváron át Érdig vonult fel. A 42. vadászhadosztály parancsnokának (Brauner altábornagy) csoportja Szabadka–Kiskunhalas–Baja irányban haladt. Szerbia felől érkezett a Hildebrant ezredes vezette csoport, mely a Tisza jobb partján Szegedig, onnan Kecskemétig, majd Ceglédig és Szolnokig tört előre.

Az északról érkező harccsoport délben lépte át a határt. Feladata az északi városok (Kassa, Miskolc, Rozsnyó stb.) megszállása, illetve a Tisza-vonal biztosítása volt. Szolnokon csatlakozniuk kellett a Hildebrandt-csoporthoz. A Tiszántúlra a németek nem hatoltak be, csupán Debrecen repülőterét szállták meg légi úton.

A hadműveletben részt vett német erőket 100 ezer főre becsülhetjük. A megszállók a magyar katonákat nem fegyverezték le, ám korlátozott idejű zárlatot rendeltek el a laktanyákban, emellett rögtön megkezdték az ellenségesnek vélt közszereplők letartóztatását. A Honvéd Vezérkar főnöke, vitéz Szombathelyi Ferenc vezérezredes értelmetlennek tartva az ellenállást, a bevonuló német csapatok barátságos fogadásáról rendelkezett. Véleményét a politikai vezetés, így (a bevonulás után lemondó) Kállay Miklós miniszterelnök is osztotta. A német megszállást az akciót érdemben hátráltató fegyveres ellenállás nem kísérte.