A Horthy-korszak osztály kutatóinak feladata Magyarország első világháború utáni történetének kutatása. Az időhatárok 1918 végétől 1945-ig terjednek.

A „hosszú 19. század” történetével kapcsolatos kutatásaink tengelyében Széchenyi István levelezésének, valamint Ipolyi Arnold levelezésének és egyéb magániratainak a kiadása áll. E mellett OTKA-támogatás segítségével folyik tovább az Osztrák–Magyar Monarchia közös minisztertanácsi ülésjegyzőkönyveinek a megjelentetése (osztrák történészekkel közös projekt); szintén OTKA-támogatást élvez a dualizmus kori csődperek most kezdődő feltárása. A témacsoport több tagja részt vesz abban – a BTK összes intézetét összefogó – OTKA-kutatócsoportban, amely témája a magyar nacionalizmus kialakulásának multidiszciplináris vizsgálata, mindenekelőtt a tudományok és a kreatív művészetek tükrében. Ezenkívül egyéni kutatói érdeklődés alapján vizsgálat tárgya még a Balkán 19–20. századi története, a magyar szélsőjobboldali politikai gondolkodás, továbbá a mindennapi élet dualizmus kori historikuma és a 19–20. századi vidéki urbanizáció társadalomtörténete.

A Kora újkori osztály az 1970-es években jött létre, amikor az 1526. évi mohácsi csatától a 18–19. század fordulójáig tartó, mintegy három évszázad vizsgálatára a korábbi Középkori osztályból önálló kutatási egységet hoztak létre. Az osztály 2012. január 1-jétől a BTK részeként Kora újkori osztály néven működik, és legfőbb feladata a 16–18. századi magyar történelem alapkutatásokra építő, nemzetközi keretekben történő bemutatása. E feltáró munka elsősorban a következő kutatási irányok mentén zajlik. A késő középkori magyar állam 1526–1541 utáni kényszerű három részre tagolódásából adódóan az Oszmán Birodalom részét alkotó török hódoltságot nemzetközi hírű oszmanisták kutatják, a közép-európai Habsburg Monarchiához csatlakozó Magyar Királyság történetét pedig külföldi és hazai levéltárakban kutató kollégák vizsgálják.

Ezek mellett a témacsoportban hagyományosan erős vonalat jelent a történeti Magyarország keleti régiójában az 1570-es évekre létrejött új állam, az Erdélyi Fejedelemség históriájának elemzése. A területi jellegű kutatásokon kívül a csoport legeredményesebben művelt szakterületei közé az egykori és mai országhatárokat egyaránt átjáró politika-, had- és igazgatás-, vallás- és egyház-, társadalom- és gazdaságtörténet tartoznak. E kérdéskörökben a nemzetközi és a magyar történettudomány, valamint a magyarországi nagyközönség érdeklődésére is számot tartó forráskiadványok és adattárak, monográfiák és tanulmánykötetek készítése, valamint külföldi és hazai konferenciák szervezése jelenti a témacsoport elsőrangú feladatát. Emellett a csoport tagjai kiemelt szerepet töltenek be az intézet folyóirata, a Történelmi Szemle szerkesztésében.

Végül a mintegy tizenöt munkatárs alkotta témacsoport meghatározó jelentőségűnek tartja azt is, hogy a magyar történelem sokat vitatott három évszázadának szisztematikus kutatásokra építő, új szemléletű bemutatása révén hozzájáruljon a magyar lakosság történeti ismereteinek elmélyítéséhez és nemzeti identitásunk erősítéséhez.

Az osztály fő feladata a magyar medievisztikában az alapkutatások terén meglévő adósságok törlesztése. A program legfontosabb elemei: (1) a középkori Magyar Királyság világi méltóságviselőinek teljes körű feltárására irányuló archontológiai adatbázis továbbépítése, mely a további kormányzat-, a politika- és a társadalomtörténeti vizsgálatok szempontjából nélkülözhetetlen ismereteket tár fel és rendszerez; (2) forráskiadványok készítése (melynek során a témacsoport tagjai korábbi és jelenlegi kutatásaik során feltárt, mindeddig publikálatlan forrásokat tesznek közzé); (3) a néhai Györffy György akadémikus által megkezdett, Az Árpád-kori Magyarország történeti földrajza projekt folytatása, mely az egyes megyék sorrendjében tárgyalja a 9. századtól az 1330-as évek közepéig terjedő korszak minden olyan magyarországi településének történetét, melyről írott dokumentum maradt ránk.  A témacsoport kutatásai kiterjednek továbbá olyan középkor-történeti témák kidolgozására, melyek az utóbbi években (évtizedekben) méltatlanul háttérbe szorultak (vagy soha nem voltak előszeretettel kutatott témák), jóllehet ezek beható tanulmányozása nélkül a magyar középkor történetére vonatkozó ismereteink csak hiányosak és pontatlanok lehetnek. Ezek közé tartoznak a témacsoport gazdaságtörténeti, Anjou-kori és Szlavónia történetére vonatkozó kutatásai.